# Rarasai Raras MCP server

Source: https://glimind.com/server/mcp-registry%2Fio.github.rarasai%2Fraras
Registry id: `mcp-registry/io.github.rarasai/raras`
Status: live (checked 2026-10-28T02:54:15.523Z)

## Measurements (30 days)

- Uptime: 99.98%
- Checks: 5093
- Outages (90 days): 1

## Install

```json
{
  "mcpServers": {
    "rarasai-raras-mcp-server": {
      "type": "http",
      "url": "https://raras.org/api/mcp"
    }
  }
}
```

Claude Code:

```sh
claude mcp add --transport http rarasai-raras-mcp-server https://raras.org/api/mcp
```

## Tools (27)

- `analyze_clinical_case`: Caso clínico → doenças candidatas + literatura relevante em 1 chamada. Apenas informativo, nunca diagnóstico.
- `explain_relation`: Raciocínio fundamentado sobre o grafo: dada uma pergunta (ex.: "por que o gene X se associa à doença Y?", "como a droga Z se relaciona a esta doença?"), retorna
- `find_active_trials`: Trials ativos com filtro Brazil.
- `find_diseases_by_phenotypes`: Match por IDs HPO. Use para diagnóstico diferencial.
- `find_papers_for_disease`: Literatura relacionada a uma doença via embeddings (:SEMANTIC_MATCH, fallback vetorial).
- `find_phenotypically_similar`: Doenças com perfil de fenótipos HPO semelhante (simGIC pré-computado, explicável: nº de fenótipos em comum). Complementa find_similar_diseases (semântico).
- `find_reference_centers`: Centros por doença e/ou UF, com CNES.
- `find_similar_diseases`: Vector similarity via embeddings SOTA.
- `get_disease`: Get detailed information about a specific rare disease by its Orpha code.
- `get_disease_clinical_trials`: Get clinical trials for a rare disease.
- `get_disease_detail`: Fenótipos HPO, genes, SUS, trials, descrição clínica em PT.
- `get_disease_genes`: Get genes associated with a rare disease.
- `get_disease_phenotypes`: Get HPO phenotypes associated with a rare disease.
- `get_disease_sus_coverage`: Get SUS (Brazilian public health system) coverage information for a rare disease.
- `get_disease_treatments`: Get literature-mined treatments and repurposing hypotheses for a rare disease.
- `get_evidence`: Cross-references de autoridade (Orphanet, MONDO, OMIM, MeSH, GARD, UMLS), status de verificação e PMIDs de uma doença. A base da regra "nunca inventar".
- `get_graph_stats`: Contagens e métricas do dataset.
- `get_hypotheses`: Candidatos a reposicionamento de fármacos gerados por associação de genes (guilt-by-association): drogas que tratam outras doenças que compartilham genes com es
- `get_literature_relations`: Relações tipadas extraídas da literatura biomédica (associate/treat/cause/inhibit/stimulate/prevent) entre a doença e genes/fármacos, com nº de publicações como
- `get_recent_updates`: Doenças cujo gêmeo digital ganhou evidência nova (autoria, PubTator3, Open Targets, verificação) nos últimos N dias. Faça polling para acompanhar mudanças (subs
- `get_research_log`: Registro cronológico do que o agente autônomo fez por esta doença: autoria, mineração de literatura, evidência genética, verificação, prospecção de fontes, reco
- `get_schema`: Node labels, relationship types e property keys do grafo. Use antes de cypher_query.
- `get_sus_coverage`: CEAF, SIGTAP, PNTN, nível de integração.
- `reason_about_disease`: Perform grounded multi-hop reasoning about a rare disease, answering a question using the knowledge graph.
- `search_diseases`: Full-text search em 10.468 doenças raras. Suporta filtros SUS/trials.
- `search_papers_semantic`: Busca vetorial sobre 424k papers do PubMed. Use caso clínico, pergunta ou conjunto de sintomas.
- `search_phenotypes`: Lookup HPO em PT-BR (encoder Araras-HPO-Brasil + léxico leigo) ou EN (vocabulário HPO). Retorna IDs HP: com estado de asserção: termo NEGADO ("nunca desmaiei") 

Measured by Glimind (https://glimind.com): MCP handshake + tool list only, no tool is ever called. CC BY 4.0.